En el Torneo Clausura 2003 el equipo no logró la clasificación a la liguilla a pesar de haber conseguido 31 puntos en la etapa regular y así cortó la racha de seis liguillas consecutivas. Durante la temporada regular solo perdió dos partidos y se posicionó segundo de la clasificación detrás del Toluca, así clasificó a la liguilla por quinta ocasión. El equipo obtuvo el reconocimiento de ser el -más goleador del torneo- con 35 goles, además, camiseta retro atletico de madrid Jared Borgetti obtuvo el -bicampeonato de goleo- con 13 goles.
