Deportivamente, durante esta etapa, el equipo se instala en la zona media de la clasificación con la excepción de las temporadas 2002/03 y 2005/06 en las que se roza el descenso y la 2004/05, en la que se acaba a un punto de acceder a la Liga de Campeones de la UEFA, camiseta manchester united con Miguel Ángel Lotina en el banquillo. El logro más destacado del equipo en el semestre fue su actuación en su regreso a la Copa MX, camiseta real madrid en donde eliminaron en cuartos de final al acérrimo rival Tigres en tanda de penales después de empatar 2-2 en tiempo regular.
