En cuanto a Copas de Oro, Motagua ha aportado jugadores en todas las ediciones en las que la selección hondureña tuvo participación, a excepción de la Copa de Oro 2003. La convocatoria para la Copa de Oro 2000 fue la que contó con más jugadores motagüenses, nueve en total: Jairo Martínez, Amado Guevara, Iván Guerrero, Reynaldo Clavasquín, Milton Reyes, Ninrod Medina, Óscar Lagos, Hugo Caballero y Juan Manuel Coello.
