En el segundo semestre del año, dentro del torneo de liga Apertura 2016, una serie de resultados negativos ocasionó el cese del técnico Ignacio Ambriz; quien sería sustituido por Ricardo La Volpe, que ya había dirigido al club veinte años atrás en el Invierno 1996. Dentro del torneo de Copa México Apertura 2016 el equipo (aún con Ambriz) había clasificado como líder general a la ronda de octavos de final, donde (ya con La Volpe en el banquillo) eliminó a Veracruz 1-0, para luego dar cuenta de Chiapas 3-2 en cuartos de final; finalmente fue eliminado en la ronda de semifinales al caer en la serie de penales 3-4 con Guadalajara, camisetas de futbol baratas luego de concluir el tiempo reglamentario con empate a uno.
