Diversos problemas tales como la intervención por parte de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, adeudos con el sueldo de jugadores y con el pago de jugadores transferidos al equipo, un plantel limitado en calidad y cantidad, y el cambio de entrenador fueron causantes de que el equipo experimentara una crisis económica y futbolística. En los últimos años del siglo XX Cruz Azul tuvo una gran regularidad, destacando los 40 puntos conseguidos en el invierno 1998, luego de 12 triunfos, 4 empates y 1 derrota.
